L'esistenza di una chiesa ad 'Ain Karem è testimoniata da un pellegrino dell'epoca crociata (1106-1107) l'abate Daniele. Si tratta di un igumeno russo assai colto, venuto in pellegrinaggio in Terra santa per circa due anni. La sua descrizione non corrisponde a quello che oggi la tradizione ritiene e tuttavia è molto importante ed affidabile. Egli parla della casa di Zaccaria, dove la vergine salutò Elisabetta e dove nacque Giovanni Battista. Daniele parla di una chiesa con una grotta, luogo in cui, secondo la tradizione, nacque Giovanni il Battista. Non lontano, sulla montagna, l'anfratto dove Elisabetta si nascose con Giovanni il Battista per sfuggire alla strage degli innocenti; Daniele descrive una grotta sormontata da una piccola chiesa e annota che v'era pure una sorgente (ELS 46; TCG 104). L'interpretazione di Daniele segue fedelmente il protovangelo di Giacomo, un testo apocrifo del II secolo (TCG 103).
Questa antica descrizione fotografa la situazione al tempo delle crociate. Oggi ci sono due santuari ma custodiscono memorie diverse: quello che Daniele chiama la casa di Zaccaria (memoria della nascita e della visitazione) ricorda la nascita del precursore; il luogo che ricordava il rifugio di Elisabetta è diventato invece il santuario della visitazione. Il cambiamento è avvenuto dopo l'epoca crociata. Si iniziò a parlare delle due case di Zaccaria: una nel villaggio e l'altra appena fuori. Elisabetta si sarebbe ritirata nella casa di campagna e là avrebbe incontrato Maria.
Prima del tempo crociato abbiamo poche e incerte notizie sul sito.
A Gerusalemme la festa di Giovanni il Battista si celebrava nella chiesa di San Giovanni, esistente ancora oggi. Quell'edificio ha una pianta bizantina, mentre i muri superiori sono crociati. Fu costruita dall'imperatrice Eudocia nel V secolo. La chiesa greca ancora oggi celebra in quel luogo la memoria di san Giovanni Battista.
Abbiamo una testimonianza di Teodosio nel VI secolo (ELS 43; TCG 104) che precisa la distanza fra Gerusalemme e il luogo dove abitò Elisabetta: cinque miglia. Anche un lezionario della chiesa di Gerusalemme, pervenuto a noi in lingua georgiana, parla di una memoria il 28 agosto, nella città di Enqarim, nella chiesa di Elisabetta la giusta (ELS 44; TCG 104). Il linguaggio liturgico intende la memoria come l'anniversario della morte. Epifanio, monaco rumeno del IX secolo, parla di due grotte che custodivano le reliquie dei santi Innocenti uccisi da Erode; parla poi di un monte chiamato Carmelion, patria del precursore, e di Emmaus, a diciotto miglia dal monte (ELS 45; TCG 104). La memoria degli innocenti era situata in varie grotte (a Betlemme, a Tekoa, etc.). Monti col nome Carmel ce ne sono due: uno ad Haifa e l'altro ad Ebron. Forse Epifanio confonde Ain Karem e Carmel. Infine Eutichio, patriarca di Alessandria d'Egitto (secolo X), scrive in arabo e parla di una Bayt Zakaria (casa di Zaccaria), nel distretto di Ælia (Gerusalemme), dove Maria avrebbe incontrato Elisabetta (ELS 45*; TCG 104).
Queste testimonianze sono abbastanza sparse e non indicano con precisione quanto c'era. Dobbiamo così concludere che la prima importante testimonianza è quella dell'igumeno russo Daniele.
Gli studi e gli scavi archeologici hanno mostrato che la chiesa descritta dall'abate Daniele è la stessa che noi vediamo oggi. Padre S. Saller ha fatto studi approfonditi sulla questione, portando paragoni di ordine archeologico e paragoni di ordine artistico. C'è, anzitutto, una somiglianza con la chiesa della santa Croce, certamente costruita dai georgiani nel secolo XI. L'edificio ha caratteristiche non tipicamente crociate: ci sono tre ingressi (come le chiese bizantine); all'interno la parte del transetto a croce greca permette di sovrapporre quattro cupole ma ve n'è una sola: le pietre della cupola hanno striature crociate e inoltre c'è un tamburo e una cupola semisferica. Addossati alla chiesa ci sono strutture crociate: due saloni, antichi luoghi d'accoglienza dei pellegrini (oggi trasformati uno in cantina e l'altro in sacristia). Queste costruzioni sono state affiancate all'edificio più antico per sostenerlo. Infatti i muri della chiesa sono costruiti con materiale terroso, assai scadente. Da qui possiamo concludere che la chiesa è precedente ai crociati e tuttavia da loro rimaneggiata. Si tratta di una delle chiese più antiche della Terra santa (un'altra simile si trova a Abud in Samaria).
Dopo l'epoca crociata la chiesa è stata trasformata in stalla per animali. Tuttavia la grotta è sempre stata riservata per i cristiani. Tale grotta era chiusa da un muro; nel giorno di san Giovanni i cristiani potevano venire a celebrare la sua memoria: il muro era abbattuto e si celebrava la memoria liturgica. Nel 1620 e poi nel 1680 l'edificio fu riscattato e nacque un convento francescano.
Intorno al convento si radunarono, a poco a poco, alcune famiglie cristiane provenienti anche da Betlemme, raggiungendo un discreto numero. Al museo della Flagellazione si conservano ancora le pesanti porte del convento mentre alcuni strumenti liturgici per comunicare gli appestati si trovano nel museo del santuario. Nel XIX secolo ci fu pure un miracolo eucaristico: un musulmano, durante la processione del Corpus Domini vide che il parroco reggeva un bambino in luogo del Santissimo. Ad 'Ain Karem ci sono pure molte case religiose: due conventi francescani, le suore di Sion, le suore di carità di san Vincenzo de Paoli, le suore del Rosario, le suore russe.
Davanti alla chiesa furono eseguiti scavi dal padre S. Saller. Furono trovate due cappelle bizantine (fra il V e il VII secolo). Si tratta di cappelle di carattere funerario con mosaici molto fini e una scritta che recita: salve, martiri di Dio! Non c'è nessun altro segno particolare ma quello che si vede testimonia la presenza della chiesa in epoca bizantina. La domanda che sgorga naturale è: ci sono tombe dell'epoca di Cristo? Padre Saller scoprì stanze con un mosaico bianco e fosse per la lavorazione dell'uva di epoca romana. Si tratta forse di un ambiente agricolo. Tuttavia in una di queste stanze è stata ritrovata una statua di marmo della dea Afrodite e altri resti di statue. Un ritrovamento di questo tipo fa pensare ad una funzione religiosa del luogo. Da qui l'ipotesi di Saller: il luogo subì una trasformazione: da luogo sacro pagano divenne un luogo sacro cristiano. Invece un elemento certo dell'epoca di Cristo è il ritrovamento di una mikwè. Oggi conosciamo molte mikwè dell'epoca di Cristo, soprattutto nelle case del quartiere ebraico.
Entrando in chiesa si nota, davanti all'altare, il prezioso pavimento in opus sectile di epoca crociata. Anche nella grotta di san Giovanni c'è il medesimo pavimento.
La grotta non è naturale ma è scavata. Nelle case c'erano grotte e servivano come cisterne o depositi. Questa grotta, rotonda, ha l'aspetto di una cisterna; inoltre il buco al centro (oggi tappato) testimonia o un uso originario oppure un lavoro successivo per far uscire il fumo. La cisterna, in ogni caso, attesta la presenza di abitazioni.
Nella cappella di santa Elisabetta c'è una griglia marmorea che custodisce una pietra. Sulla strada che andava verso il cosiddetto deserto di san Giovanni c'era una pietra venerata dai pellegrini: su tale pietra soleva predicare il precursore oppure, secondo altra tradizione, sedeva Zaccaria. Un musulmano fece a pezzi la pietra che fu così ricoverata qui per essere preservata.
Uscendo dalla chiesa di san Giovanni ci si avvia verso la chiesa del Magnificat passando per la Fontana della Vergine. Al di sotto di una moschea c'è la sorgente del villaggio, conosciuta come Sorgente di Maria. In questo luogo avrebbe avuto luogo l'incontro fra la Vergine ed Elisabetta.
L'attuale santuario della visitazione è legato al ricordo antico del rifugio di Elisabetta e Giovanni Battista. I resti crociati sono evidenti. L'attuale chiesa fu costruita dall'architetto Barluzzi nel 1939. Il ricordo del nascondiglio del Battista non è andato mai perso. C'è una pietra con i segni delle asportazioni dei pellegrini per fare reliquie. La tradizione parlava pure di una fonte. Nel luogo, alla fine di una galleria con arco a sesto acuto ovale, c'è un pozzo, profondo 5 m, senza molta acqua. Nell'antichità tuttavia l'acqua era molta; c'è infatti un canale di scolo per il pieno che si collega con una cisterna precedente all'epoca crociata. La galleria di accesso al pozzo custodisce qualche iscrizione in greco, quasi illeggibile. Sono chiari segnali di un utilizzo sacrale del luogo.
Possediamo documenti armeni sul cui colophon è scritto che furono redatti a san Giovanni in montagna. Le molte croci incise nelle pietre sono il segno della presenza armena.
La chiesa di sopra è stata ricostruita sopra l'abside. Sono stati ritrovati resti di epoca bizantina e due pilastrini di marmo, nel luogo dove c'era l'altare. I pilastrini (uno dei quali ha un bel giglio scolpito) erano in uso prima dell'iconostasi, quindi nel VIII-IX secolo.
Salendo i gradini che portano alla chiesa superiore si nota la bella porta dei crociati, ancora conservata. Dentro la chiesa, sul muro dell'abside, dietro la lampada del Santissimo, si notano dodici quadrati scolpiti nella roccia. La tradizione diceva essere le dodici pietre preziose del sommo sacerdote Zaccaria, martire ucciso da Erode per aver nascosto Giovanni Battista.