Lo spartiacque per comprendere la chiesa di sant'Anna è il 1850. In quell'anno infatti, a seguito della vittoria ottenuta contro la Russia nella guerra di Crimea, il sultano regalò il luogo all'imperatore francese Napoleone III. Fu una fortuna che il luogo fosse solo una scuola (anche se di fatto era una moschea); diversamente non sarebbe mai potuta ritornare ad essere chiesa.
La chiesa fu costruita dai crociati ma nel 1187 Saladino la trasformò in scuola shafiita di diritto islamico. Tuttavia il sotterraneo della chiesa fu sempre frequentato dai cristiani (previo pagamento di mancia a qualche musulmano locale). I pellegrini narrano di aver visitato questo luogo al mattino presto per far memoria della nascita della Vergine e il giorno 8 settembre la Custodia organizzava una celebrazione per onorare la festa.
La seconda memoria di questo luogo è legata alla piscina Probatica (Giovanni 5,2-15). Anticamente tale memoria era ricordata fuori dall'attuale convento, dove oggi ci sono un parcheggio e un giardino. Tale piscina era davvero molto grande (100 m di lunghezza, 40 di larghezza e 14 di profondità). Rimase aperta fino al mandato inglese e fu poi chiusa. Qualcuno vedeva i cinque portici di cui parla il Vangelo (Giovanni 5,2).
Nel 1850, dopo che la Francia ebbe in dono dal sultano la chiesa, fu chiamato l'architetto alsaziano Mauss perché si occupasse del restauro. Da allora la chiesa fu restaurata di nuovo, negli anni '50, dal domenicano Coüasnon. Mauss aveva un atelier dentro le mura del convento e notò la bocca di una cisterna. Si calò e scoprì che il fondo era parte di una piscina, da lui subito identificata con la piscina Probatica. I testi antichi parlavano della piscina Probatica (cfr. ELS 682-720; TCG 94-95) e di una chiesa, santa Maria alla Probatica. Mauss trovò una chiesa bizantina, precedente alla chiesa crociata: si trattava di santa Maria alla Probatica.
Vi sono quindi due ricordi: la natività di Maria e la guarigione del paralitico. I padri bianchi, custodi del sito per incarico della Francia, hanno fatto molti scavi. Hanno trovato due piscine, molto grandi, divise da una diga al centro. Questo permette di capire l'indicazione evangelica (e poi della tradizione) dei cinque portici. Cirillo di Gerusalemme, per esempio, parla di cinque portici (ELS 684; TCG 94). Quello che vediamo oggi è molto di più: infatti gli scavi hanno portato alla luce sia i resti delle piscine, sia i resti della chiesa di santa Maria, sia il moustier crociato.
Ci si chiede pure come possano andare insieme due tradizioni così diverse. Dalle fonti letterarie sappiamo che nel IV secolo qui si ricordava il miracolo della guarigione del paralitico. La memoria della nascita della Madonna nasce invece nel VI secolo. Il ricordo della guarigione è legato alla pagina del Vangelo di Giovanni (5,2-15). Il ricordo della nascita della Vergine è legato al Protovangelo di San Giacomo, un testo apocrifo molto antico. In esso si narra che Gioachino, sacerdote del tempio, insultato perché non aveva figli (e quindi impossibilitato a continuare il suo servizio sacerdotale in quanto non benedetto da Dio), si ritirò nel deserto quaranta giorni. Quando tornò trovò Anna in stato interessante. Quando la bambina aveva due anni fu offerta al tempio (da qui la festa della presentazione della Vergine al tempio); nel tempio Maria lavorava la lana utile al velo del santo dei santi (in fonti rabbiniche si parla di vergini filatrici che lavoravano la lana per il tempio). A dodici anni i sacerdoti vollero darla in sposa. Fu indetto un concorso e lo vinse Giuseppe a motivo della fioritura del suo bastone. Il racconto, evidentemente, contiene molti elementi fantastici e tuttavia è preziosa testimonianza di un'antica tradizione circa la nascita di Maria.
Ci si reca sul lato destro della chiesa dove si nota la finestrella utile a penetrare nella cripta. Da questo pertugio, per secoli, i cristiani sono entrati nella cripta per pregare.
Si entra in chiesa e ci si reca alla cripta. La cripta è stata abbastanza rimaneggiata dal restauro di Mauss. Accusato di aver mutato le caratteristiche originarie, l'architetto si difese e tuttavia pare proprio che vi sono stati interventi. L'impianto è abbastanza complesso: un nartece, una sala d'ingresso e una cripta vera e propria. I tagli nella roccia testimoniano che questa era una grotta o una cisterna, come ce ne sono in tutte le case di Gerusalemme. I disegni precedenti al 1850 mostrano che le forme erano più rotondeggianti. L'altare era messo di sbieco, dove oggi c'è il tabernacolo. In un'altra sala c'era una statuetta di Maria Bambina, oggi sostituita da un'icona. Purtroppo il luogo ha perso il suo valore devozionale. Ci si chiede pure perché il luogo è sotterraneo. Il motivo è legato alla sua conservazione. La casa è andata distrutta mentre la grotta si è conservata. Vincent ipotizzò che in questo luogo ci fossero due chiese, quella della Probatica e sant'Anna. Vincent fece pure scavi e trovò qualche stanza con intonaco di epoca romana (oggi ritenuto dell'epoca di Ælia Capitolina). Tuttavia non c'è nessun dato archeologico che dimostri essere questa la casa di Gioachino ed Anna.
Vi sono anche due scale d'accesso alla cripta. Una serviva per i pellegrini, l'altra per le monache benedettine che vivevano in questo luogo.
La chiesa è una delle chiese crociate meglio conservate in terra santa. Si possono osservare le diverse fatture dei muri: la parte absidale pare essere più antica (con pietre piccole); la parte della facciata invece è costruita con pietre più grosse. Vincent ipotizzò che la parte più antica fosse precrociata mentre la parte più recente crociata. A prova di questa tesi portava il fatto che le chiese crociate hanno un piccolo tamburo sotto la cupola. In oriente invece la cupola è appoggiata sopra i quattro archi. Nel 1102 il pellegrino Sewulfo ricorda la chiesa (quindi già esistente e costruita a tempo di record in pochissimi anni [ELS 696]). Oggi l'opinione di Vincent non è più accettata; si riconosce che la chiesa è stata costruita in due momenti e tuttavia non si parla più di un edificio precrociato. Un altro particolare sono le finestre. Le finestre della zona absidale hanno archi rotondi, mentre le finestre verso la facciata hanno arco a sesto acuto. Tuttavia spesso questa alternanza è voluta e non è dato sufficiente per affermare l'antichità della costruzione. Come pure c'è una scelta di asimmetria che non disturba. Pure questa scelta è voluta ed è tipica del medioevo.
Dopo aver osservato la chiesa si volge l'attenzione ai resti della piscina detta Betzatà. Si notano i vari strati. Anzitutto una piccola cappella crociata che ricordava la guarigione del paralitico al di sopra della piscina, poggiata su muri possenti. Poi i resti della basilica bizantina di santa Maria. Tale costruzione era veramente enorme: l'atrio poggiava sui resti della piscina, la chiesa invece sulla terraferma. Al centro dell'atrio c'era una piscina, a ricordo del miracolo. Sotto resti pagani (del tempo della Ælia Capitolina): pavimenti in marmo e costruzioni forse in onore di Asclepio. Nella cisterna e nel tetto della chiesa sono state trovati ex voto pagani: un piede con una scritta in greco (Pompeia Lukilia ha dedicato), serpenti, figure umane, barche, etc., tipici segni di ex voto. Al di sotto vi sono pure grotte del tempo di Cristo, mura e bagni. Sono stati ritrovati, in particolare, sei bagni: uno completo e gli altri parziali ma ben riconoscibili. Solitamente i bagni rituali ebraici sono composti da qualche scalino e da una piccola vasca. Questi invece sono composti da una scala che scende, svolta a destra e termina dentro una piscina quadrata. L'acqua creduta miracolosa era presa dalle piscine (profonde 14 m) e posta nei bagni. (Anche il passo giovanneo è discusso. Molti e autorevoli manoscritti espungono il versetto 5,4 laddove si parla dell'angelo che muove le acque).
Si scende nella cripta del moustier. Il moustier crociato aveva un ambiente sottostante, una specie di cripta, proprio al di sopra della cisterna d'acqua. Il pavimento poggia su volte a sesto acuto appena prima del periodo crociato. La cripta è stata costruita proprio per i pellegrini, affinché facessero memoria del miracolo. Sulla parete c'erano dipinti, ancora visibili in foto precedenti la prima guerra mondiale. Erano rappresentati un angelo (con il bastone, come in tutta la tradizione orientale) e una moltitudine di persone. Nella costruzione si notano i cinque archi appositamente costruiti per ricordare il fatto evangelico.
Si risale proprio sulla diga che divide le due piscine. Tale diga è larga 6 m e la sua sommità era l'ingresso alla basilica bizantina. La diga è stata costruita per sbarrare la prima piscina; poi un secondo sbarramento ha creato la seconda. La prima piscina è dovuta al re Ezechia (VIII secolo a.C.). È ancora visibile un piccolo pozzo quadrato con scale: su una parete vi sono finestre; servivano per regolare il livello dell'acqua nella prima piscina. C'era pure un canale che portava acqua al tempio. Forse si tratta della costruzione di cui parla il Siracide (Ai suoi [di Simone] tempi fu scavato il deposito per le acque, un serbatoio ampio come il mare [50,3]).
Da sant'Anna ci si reca nei pressi dell'École biblique, precisamente all'incrocio fra Nablus street e Ibn El-Aas street. In quel luogo ci sono pietre facenti parte del terzo muro e di cui parla Giuseppe Flavio (Guerra Giudaica V 147). Tale fortificazione aveva solo scopo difensivo, onde evitare l'avvicinamento delle catapulte alla città. Ci sono resti anche vicino al consolato americano (forse è il muro di una torre). È difficile tuttavia precisare ulteriormente. Resti di mura sono stati trovati anche altrove ma non è facile ricostruire il percorso del terzo muro.